
În anul 1622, biserica ruinată a fost dăruită de principele Transilvaniei, Gabriel Bethlen, comunității reformaților calvini din oraș. Însă starea de degradare a fost agravată de explozia unui deposit de muniție, aflat în apropierea bisericii, care a sărit în aer în anul 1627. Comunitatea reformată calvină, săracă, nu a avut fondurile necesare pentru a reconstrui biserica, până în timpul principelui Transilvaniei, Gheorghe Rakoczi I, care a oferit fondurile necesare pentru a restaura biserica. Lucrările au avut loc în perioada 1638 – 1645. Sfințirea bisericii a avut loc în anul 1647.
De atunci, ea a rămas inima comunității reformate din Cluj. În anul 1765, a fost adusă prima orgă. Masa Domnului, decorată cu intarzii, a fost creată în anul 1820.
Biserica este considerată drept cea mai mare construcție gotică de tip hală din Europa de Sud-Est. Franciscanii nu doreau ca în bisericile lor să existe coloane, pentru a permite credincioșilor să se concentreze la slujbă. Lăcașul de cult are o lungime de 34 de metri, o lățime de 15 metri, iar pereții au o înălțime de 19 metri. Orga bisericii este a doua ca mărime din România, după cea din Biserica Neagră din Brașov.
Această biserică a servit drept lăcaș de cult și pentru studenții Colegiului Reformat, creat în anul 1651, care oferea diplome universitare de același rang cu cele ale diplomelor oferite de academiile din vestul Europei. Pe pereții bisericii se află expusă cea mai mare colecție de steme și blazoane nobiliare din România. Iar în interiorul bisericii se află mormintele principilor Transilvaniei Mihail Apafi I și Mihai Apafi II.