Inițial, biserica și mănăstirea au fost romano-catolice și au aparținut călugărilor franciscani. În contextul reformei protestante, franciscanii au fost alungați din Cluj, iar biserica a rămas pustie, până în vremea principelui catolic al Transilvaniei, Cristofor Bathory, fratele regelui Poloniei, Ștefan Bathory. Principele Transilvaniei i-a chemat la Cluj pe călugării iezuiți, care au fondat, în anul 1581, și Colegiul Academic, prima școală de rang universitar de pe actualul teritoriu al României, precursoarea Universității Babeș-Bolyai de azi.
Călugării iezuiți au fost, la rândul lor, alungați din Cluj în anul 1603, după ce principele Transilvaniei, Moise Szekely, a cucerit orașul care fusese ocupat de armata austriacă, aflată sub comanda generalului Gheorghe Basta, cel care a ordonat asasinarea principelui Mihai Viteazul. În acel context, comunitatea unitariană din Cluj, fanatizată de persecuțiile la care fusese supusă de austrieci, a început distrugerea acestui lăcaș de cult, în așa fel încât să nu mai rămână piatră pe piatră. Iezuiții și-au atras în mod special ura unitarienilor, deoarece ei au fost cel mai eficient ordin monahal implicat în realizarea reformei catolice și zăgăzuirea efectelor reformei protestante. Astfel că unitarieni au început să distrugă lăcașul de cult și nu s-au oprit decât în momentul în care o parte din tavanul bisericii s-a prăbușit, iar 14 vandali au murit. Moartea acestora a fost interpretată drept un semn divin.
Biserica nu a mai putut fi folosită, iar o parte a clădirilor fostei mănăstiri catolice a fost folosită drept sursă de piatră pentru ridicarea altor clădiri din oraș. În cele din urmă, principele Transilvaniei, Gabriel Bethlen, a decis să dăruiască lăcașul de cult care fusese abandonat comunității reformate calvine din oraș. Reformații, minoritari în Cluj, au fost prea săraci pentru a repara biserica, până în perioada principelui Gheorghe Rakoczi I, care a asigurat fondurile necesare pentru restaurarea lăcașului de cult, care a rămas, de atunci, inima comunității reformate din oraș.
Biserica a trecut prin mai multe restaurări, însă ultima a fost cea care a fost capabilă să redea vechea splendoare mănăstirii care a devenit lăcaș de cult reformat. ”Pentru început, ne-am ocupat de identificarea degradărilor, respective cauzelor acestora, mai apoi de găsirea soluțiilor pentru eliminarea cauzelor, care au determinat o mare parte a lucrărilor arhitecturale necesare. De exemplu, igrasia sau deteriorarea pietrelor din zidărie, care au fost cauzate de deficiențe produse de lucrările anterioare de renovare. Infiltrarea apei prin acoperiș a dus la deteriorarea șarpantei, ceea ce a făcut necesară reparația șarpantei, înlocuirea unor elemente din lemn, precum și înlocuirea completă a învelitorii”, spun reprezentanții Eparhiei Reformate a Transilvaniei.
Ei mai spun că ”Am dispus îndepărtarea elementelor deranjante din punct de vedere estetic: am propus eliminarea instalațiilor electrice și de gaz vizibile, a scării monumentale din beton și a plăcii din beton din partea sud-estică a porticului claustrului, înlocuirea scărilor cu trepte. Au primit funcții noi porticul claustrului fostei mănăstiri, alipit laturii sudice a bisericii, precum și turnul sudic, eliberate după mutarea arhivei episcopiei. Astfel, aceste spații istorice, care în cursul ultimei restaurări au suferit modificări importante, și-au putut redobândi valorile estetice prin transformarea în spații expoziționale. În porticul claustrului și în turnul sudic, în locul scărilor masive de beton, am proiectat scări noi, elegante”, mai spun reprezentanții Eparhiei Reformate a Transilvaniei. Ei au adăugat că lucrarea a urmărit punerea în valoare a elementelor arhitecturale descoperite în cursul lucrărilor de renovare, dar și a picturilor murale, care sunt prezentate publicului. O mare problemă a fost reprezentată de starea avansată de degradare a pietrelor din fațada vestică. Pentru constuirea acesteia, a fost utilizat tuf vulcanic, o rocă foarte slabă din punctual de vedere al rezistenței. Pentru a nu exista probleme de siguranță, a fost montat un sistem de rigidizare, alcătuit din tiranți.
