La Cluj sunt la mare trecere școlile confesionale, care sunt susținute deopotrivă de stat și de cultele religioase. Aceste școli oferă copiilor și o formare morală semnificativă, pe lângă formarea științifică. Cele mai căutate sunt școlile ortodoxe, greco-catolice și romano-catolice, însă sunt foarte apreciate și cele ale cultelor protestante sau neoprotestante.
Transilvania are o tradiție îndelungată în privința învățământului confesional. Cea mai cunoscută figură a acestui tip de învățământ este cărturarul Gheorghe Șincai, care a întemeiat peste 300 de școli greco-catolice. Potrivit unui text scris de jurnalistul și istoricul George Barițiu, în a doua jumătate a secolului al XIX-lea, cele mi bune școli din Transilvania erau cele ale sașilor lutherani. Această tradiție a fost întreruptă de instaurarea comunismului, pentru că statul totalitar a confiscat toate școlile confesionale.
După Revoluția din 1989, școlile confesionale și cele teologice au fost reînființate, iar la aproape trei decenii și jumătate de la reapariția învățământului confesional, școlile din această categorie au revenit în elită. Cele mai căutate sunt școlile ortodoxe, greco-catolice și romano-catolice. Aceste școli oferă și o formare morală consistentă, iar elevii care aparțin cultelor respective sunt îndemnați să aibă un program spiritual aparte. Însă înscrierea în aceste școli nu este condiționată de apartenența la un cult anume. De aceea, de exemplu, la Liceul Greco-Catolic Inochentie Micu din Cluj-Napoca studiază și elevi ortodocși sau neoprotestanți. Aceeași situație este regăsită în toate școlile confesionale, cu mențiunea că școlile confesionale romano-catolice, lutherane, calvine și unitariene au limba de predare maghiară.
