Unirea principatelor sub un singur domnitor nu a fost pe placul tuturor supușilor. În Transilvania, nemeșii unguri, adică micii proprietari fără titluri nobiliare, s-au împăcat greu cu ideea să aibă un stăpânitor valah. În plus, mulți erau nemulțumiți de prădăciunile, abuzurile și crimele făcute de mercenarii neplătiți ai lui Mihai.
Astfel că în a doua jumătate a lui august 1600 nemeșii se pregăteau de luptă. Doar că în timp ce nemeșii se răsculau la Turda, Mihai rămânea tot mai singur. Moise Szekely, un favorit al domnului, fugise la polonezi. Clujul, Bistrița, Sibiul și în cele din urmă Brașovul s-au ridicat la răscoală. Mihai nu era sigur nici măcar pe ostașii lui, deoarece nu fuseseră plătiți. Vreo 300 de maghiari din oastea lui au trecut de partea răsculaților.
O parte din armata lui Mihai Viteazul se afla în Moldova și alta în Țara Românească. Însă cea mai grea lovitură dată lui Mihai a fost faptul că oastea nemeșilor a fost condusă de experimentatul general Giorgio Basta, care nu venise cu mâna goală. Din cei 18.000 de soldați, vreo 6.000 erau oșteni aleși, călăreți germani și flamanzi, purtând cuirase, o îmbrăcăminte de piele, din zale de fier sau plăci de metal care proteja pieptul și spatele, precum și muschetari valoni și francezi. Nici la numărul oștenilor săi Mihai Viteazul nu stătea prea bine: avea 10-12.000 de oameni, în bună parte oaste de strânsură.
În această situație, Mihai s-a bazat pe strategie: a ales un loc care să îl ajute să domine armata mai mare, mai bine dotată și mai motivată, condusă de Basta. Locul era între Turda și Alba-Iulia, în fața satului Mirăslău, pe un loc îngust, cuprins între Mureș și dealuri, având în față pârâul Lapad, iar la flancul drept o pădure întărită cu șanțuri.
Basta ocupase satul și își dădea seama de avantajul lui Mihai. Așa că Basta a ordonat trupelor sale să se retragă până într-un loc mai larg, unde trupele se puteau desfășura. Mihai, crezând că dușmanul se retrage,a făcut greșeala să își părăsească poziția avantajoasă. Ajunsă în locul larg, oastea lui Mihai nu a făcut față atacului frontal. Văzând lupta pierdută și oastea dispersată, Mihai Viteazul a trecut Mureșul înot, cu cal cu tot, însoțit de trei cazaci. Patru mii de soldați ai lui Mihai au murit în această bătălie de la Mirăslău.
Doamnă Bianca Pădurean, din cercetările serioase, de pildă ale lui Nicolae Iorga cu a sa „Istoria lui Mihai Viteazul”, aflăm că Gheorghe Basta, generalul împăratului austriac Rudolf al II-lea, care conducea trupele imperiale, îl trădase pe Mihai Viteazul și trădase totodată interesele împăratului, asociindu-se cu răsculații.
Împăratul Rudolf al II-lea însuși era ezitant, prost sfătuit și zăbavnic și nu a trimis, decât cu inadmisibile întârzieri și zgârcenii de fiecare dată, ajutoarele solicitate de Mihai Viteazul, la care acesta din urmă avea dreptul, potrivit angajamentelor.
Mihai Viteazul a fost trădat de o mare parte a nobililor și magnaților unguri, corupți, decăzuți moral și instabili, cărora le cruțase viața și care-i juraseră credință. Nemeșii unguri și sașii din Sibiu, Cluj și Brașov îl urau și unelteau împotriva lui, în pofida milei și generozității cu care au fost tratați de Mihai.
Aceștia și-au dezlănțuit intrigile mai ales când Mihai a fost plecat în campania militară pentru cucerirea Moldovei.