Prima atestare documentară a Blajului este din 1252, când contele Herbord a cumpărat domeniul de la confluenţa Târnavelor. În anul 1313, fiul său, Blasius, a intrat în posesia domeniului, unde a întemeiat un sat, care a fost numit Blaj în amintirea sa.
Multă vreme, Blajul a rămas un simplu sat de iobagi ai unui castel feudal. În 1650, în Blaj locuiau doar două familii. Satul şi domeniul au intrat în stăpânirea principilor Transilvaniei.
Destinul Blajului s-a schimbat o dată cu Unirea românilor ardeleni cu Biserica Romei. Sediul Episcopiei Române Unite cu Roma, Greco-Catolică, a fost mutat de la Alba Iulia la Făgăraş, iar din 1737 a intrat în posesia episcopilor greco-catolici. Aceştia au acordat Blajului statutul de oraş şi au început un vast program edilitar. Au construit catedrala din Blaj, mănăstiri, seminarii, biblioteci, licee, internate şi alte aşezăminte.
Blajul era unul dintre puţinele oraşe din Transilvania cu o majoritate etnică românească, graţie viziunii episcopului Ioan Inocenţiu Micu-Klein. În 1754, episcopul Petru Pavel Aron a deschis la Blaj prima şcoală publică românească. Acest fapt l-a determinat pe Ion Heliade Rădulescu să afirme că soarele românilor a răsărit la Blaj. Oraşul s-a dezvoltat în jurul catedralei, iar curia episcopală a fost organizată după model roman.
Acest caracter latin era atât de puternic, încât poetul Mihai Eminescu, atunci când a ajuns prima oară la Blaj, a rostit cuvintele ”Te salut, mică Romă!”. Blajul a devenit locul unde funcţionau cele mai bune şcoli româneşti şi, totodată, locul unde s-au afirmat cele trei generaţii ale Şcolii Ardelene: prima a fost cea a lui Samuil Micu, Gheorghe Şincai şi Petru Maior, cea de-a doua a fost cea a lui Avram Iancu, Simion Bărnuţiu sau George Bariţiu, iar cea de-a treia cea a lui Iuliu Maniu, Iuliu Hossu sau Alexandru Vaida-Voevod.
În 1848, la Blaj au fost organizate cele trei mari adunări revoluţionare ale românilor ardeleni, care şi-au stabilit dezideratele naţionale şi sociale. În 1853, Biserica Greco-Catolică şi-a recâştigat rangul de mitropolie.