Fondatorul învăţământului superior clujean este iezuitul italian Antonio Possevino. Acesta a fost desemnat de Ştefan Bathory, rege al Poloniei şi principe al Transilvaniei, să fondeze o universitate la Cluj.
Antonio Possevino a adus la Cluj 11 profesori de la Universitatea din Vilnius, care au început să predea în limba latină. De-a lungul secolelor, colegiul iezuit a suferit numeroase transformări.
În anul 1872, la Cluj, învăţământul a fost reorganizat, sub numele Universităţii Franz Jozef, care oferea cursuri în limba maghiară. Exista şi o catedră de limba şi literatura română, iar un profesor român, Grigore Moldovan, a devenit rector al acestei universităţi, în perioada 1906 – 1907.
După Primul Război Mondial, Transilvania s-a unit cu Regatul României. Profesorii maghiari de la această universitate au refuzat să depună jurământul de credinţă faţă de România. Universitatea maghiară a plecat în refugiu la Budapesta, apoi la Seghedin, unde această instituţie de învăţământ şi-a continuat activitatea. Unul dintre profesorii ei, Albert Szent-Gyorgy, avea să primească Premiul Nobel pentru Medicină în 1937.
La Cluj, a fost refondată o universitate românească. La început, a purtat numele de Universitatea Daciei Superioare, apoi a primit numele de Regele Ferdinand I, din 1927. A devenit una dintre cele mai bune universităţi din România, până în 1940, când Transilvania de Nord a fost cedată Ungariei. Facultăţile de Litere şi Filosofie, de Medicină şi de Drept, au plecat în refugiu la Sibiu, iar cea de Ştiinţe a fost refugiată la Timişoara, în timp ce la Cluj a revenit… universitatea maghiară.
În 1945, după război, refugiul s-a sfârşit, iar universitatea românească a revenit la Cluj. Însă unii dintre profesori s-au stabilit definitiv la Sibiu şi la Timişoara, unde au pus bazele unor noi universităţi.
La Cluj au rămas şi unii dintre profesorii universităţii maghiare, care au creat o nouă universitate, numită Bolyai. Alţii au plecat la Târgu-Mureş, unde au format Universitatea de Medicină şi Farmacie.
La Cluj, universităţile românească şi maghiară au fuzionat şi au format Universitatea Babeş-Bolyai de azi, care are ”pui” la Seghedin, la Timişoara, la Sibiu şi la Târgu-Mureş.