Clădirea Muzeului Naţional de Istorie al Transilvaniei se află într-o stare de degradare avansată. Depozitele sunt pline de igrasie, iar problemele la structura clădirii nu au întârziat să apară.Astfel că pe pereţii din interiorul muzeului au apărut observa fisuri şi crăpături. Însă, cele mai grave probleme sunt la arcul de boltă care s-a frânt în camerele de tezaur, la peretele corespunzător etajului I si crăpăturile din lapidariul medieval.
Specialiştii care au fost consultaţi în această problemă s-au arătat îngrijoraţi de siguranţa clădirii şi au zis că până în momentul de faţă muzeul a rezistat datorită grosimii zidurilor.
În plus, încă de la început această clădire nu a fost prevăzută pentru a funcţiona ca şi muzeu, deoarece este dificil de realizat un circuit pentru vizitatori, iar amplasarea nu este tocmai una favorabilă, pentru că clădirea este ascunsă într-o străduţă.