Ocuparea Basarabiei, a Bucovinei de Nord şi a Ţinutului Herţa de către Rusia sovietică, în iunie 1940, i-a lăsat pe oamenii dintre Prut şi Nistru pradă uneia dintre cele mai crunte dictaturi din istorie. Imediat după intrarea ruşilor în Basarabia, bolşevicii au început să terorizeze populaţia. Cei care ocupaseră diferite funcţii în administraţia românească au fost arestaţi. Proprietarii fabricilor şi ai magazinelor au fost încarceraţi, torturaţi sau împuşcaţi. Intelectualii satelor, în special învăţătorii, profesorii sau preoţii au fost arestaţi sau deportaţi, iar asupra ţăranilor au început presiunile pentru a se înscrie în colhozuri.
Primul val de deportări a avut loc în iunie 1941. Ruşii au planificat deportarea a 5.000 de familii din Basarabia, care însumau aproape 30.000 de oameni. Alte mii de familii au fost deportate individual. În 7 iunie 1941, NKVD-ul, precursorul KGB-ului, a cerut Sovietului Suprem să îi pună la dispoziţie 1315 vagoane de vite pentru deportarea basarabenilor.
Operaţiunea de deportare a început în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941, în toiul nopţii, la ora 02.30. Echipele NKVD mergeau prin sate, băteau în uşile şi geamurile oamenilor şi le spuneau că au 15 minute să se pregătească. Fiecare deportat avea voie să îşi ia cu el maximum 10 kilograme de efecte personale. Oamenii erau apoi încărcaţi în camioane şi în căruţe, apoi erau duşi în gări. Acolo, capii de familie şi tinerii de peste 18 ani erau separaţi de femei, copii şi bătrâni.
În fiecare vagon au fost înghesuiţi între 70 şi 100 de oameni. Fiecare deportat primea zilnic doar 200 de grame de apă, pentru băut şi pentru igiena personală, iar oamenii erau hrăniţi cu peşte sărat. Ei au călătorit în astfel de condiţii, pe o căldură infernală, timp de două-trei săptămâni. La fiecare oprire, din vagoane erau scoase trupurile celor care muriseră din cauza condiţiilor inumane. Bărbaţii în putere erau deportaţi în lagăre de muncă forţată, faimosul Gulag, unde erau supuşi unui regim de exterminare a cărui duritate poate fi comparată cu cea din lagărele naziste. Mulţi basarabeni au ajuns să muncească în minele din Munţii Ural, unde mai mult de 80 la sută dintre ei au pierit.
Familiile deportaţilor au fost răspândite prin toată Asia sovietică. Unele dintre ele au ajuns în lagărele de la Marea Albă, altele în Siberia, iar unele în stepele din Kazahstan. Un amănunt istoric este faptul că deportările din noaptea de 12 spre 13 iunie 1941 nu erau decât un prim episod din planul sovietic referitor la Basarabia. Aceste deportări au fost amânate de faptul că, în iunie 1941, România a intrat în război împotriva Rusiei Sovietice pentru a elibera Basarabia. Însă ruşii au reluat deportările în 1949 şi în 1951.
