
În anul 1550, văduva lui Petru Rareș. Doamna Elena, a decis să fortifice mănăstirea. Ea a înconjurat-o cu o incintă pătrată, din piatră de râu. Zidul are laturile de 90 de metri, o înălțime de șase metri și o grosime de 1 – 1,10 metri. Ele au metereze și creneluri. Pe latura de est se află trei turnuri de apărate. Zidul vestic este sprijinit de un contrafort, iar în peretele sudic a fost amenajată o portiță secretă. Acest zid de cetate nu a putut împiedica jefuirea mănăstirii, în anul 1622. Ea însă a fost refăcută de voievodul Vasile Lupu, din 1646. Lucrările s-au încheiat abia în 1680. Mănăstirea Probota a fost un centru cultural important. Aici și-au desfășurat activitatea patru mitropoliți ai Moldovei. Însă, din 1677, mitropolitul Dosoftei a închinat această mănăstire Bisericii Sfântului Mormânt din Ierusalim. La Probota au venit călugări greci, care au lăsat mănăstirea în paragină. Probota a fost preluată în anul 1863 de către statul român, care a decis închiderea mănăstirii și transformarea ei în biserică parohială. În anul 1904, biserica a fost restaurată și a fost adusă piatra de mormânt a Doamnei Oltea. Restaurarea a fost una grosolană, iar unele picturi originale au fost distruse. Mănăstirea a fost reînființată abia în 1993, ca mănăstire de maici.
O capodoperă moldovenească
Biserica este construită din piatră brută, cu trei rânduri orizontale de cărămidă. Planul ei este triconc, după canoanele bizantine. Absidele laterale sunt pentagonale, iar cea a altarului este heptagonală. Ele sunt împodobite cu arcade oarbe, iar deasupra lor se află ocnițe, dispuse pe două rânduri. Cele mari marchează doar absidele, iar cele mici se întind pe toată construcția. Biserica este împărțită în cinci încăperi. Pridvorul mai are doar ușa sudică. Cea nordică a fost zidită. Este iluminat de opt ferestre gotice. Pronaosul are un portal gotic și o boltă semicilindrică și este iluminat de patru fereste. Camera mortuară are două ferestre și o boltă semicilindrică. Naosul și altarul sunt despărțite de catapeteasmă. Un amănunt interesant este dat de tabloul votiv, care îl înfățișează pe Petru Rareș, pe fiul său, Iliaș Rareș, pe Doamna Elena și pe doi copii, Constantin și Ruxandra. Chipul lui Iliaș Rareș a fost înnegrit după ce acesta a trecut la islamism.