Bisericile din Transilvania reiau o tradiție veche de câteva secole, care a fost întreruptă de comunism. Este vorba de înființarea de școli confesionale. Acestea sunt școli private, finanțate de Biserică, al căror scop însă nu este profitul, ci furnizarea unei educații de cea mai înaltă calitate pentru pregătirea viitoarelor elite.Atât Biserica Ortodoxă Română, cât și Biserica Română Unită cu Roma, Greco-Catolică, pregătesc redeschiderea primelor școli confesionale la Cluj. Deja, cele două biserici au deschis grădinițe, care se bucură de o mare apreciere, spune preotul greco-catolic Mircea Marțian.
Școlile confesionale au tradiție în Transilvania încă din Evul Mediu. În secolul XVI, iezuiții au deschis la Cluj un colegiu care este considerat drept strămoșul Universității Babeș-Bolyai de azi. Unii istorici cred că aici a studiat și fiul lui Mihai Viteazul, principele Nicolae Pătrașcu. Tot din categoria școlilor confesionale făceau parte și școlile Blajului, care se numărau printre cele mai bune din Europa de Est. În țările din Europa Occidentală, școlile confesionale sunt diferite de cele teologice, care pregătesc personalul de cult. Ele sunt deschise tuturor copiilor și au taxe modice ori funcționează chiar fără taxe, dacă primesc susținerea statului. Învățământul confesional este considerat drept o alternativă la școlile publice.
