Istoria Clujului începe de la cucerirea Daciei de către romani, când localitatea se numea Napoca. De a lungul îndelungatei sale existenţe, oraşul a devenit principalul centru cultural şi religios al provinciei istorice Transilvania, în prezent Clujul fiind „inima” judeţului cu acelaşi nume şi, totodată, capitală a Transilvaniei.Cea mai veche aşezare umană din zona Clujului datează din perioada neolitică, fiind descoperită la Gura Baciului, lângă Suceag, în valea unui pârâu afluent al Nadăşului şi în apropierea dealului Hoia. Aşezarea datează din anii 6.000 5.500 î.Hr., şi este considerată drept cea mai veche aşezare umană descoperită în Transilvania.
Dar adevărata istorie a Clujului începe în epoca romană. După cucerirea Daciei şi transformarea ei în provincie, împăratul roman, Traian, a pus bazele unei aşezări de colonişti. Aşezarea, numită „Napoca”, a fost fondată pe malul drept al Someşului Mic, în centrul actual al Clujului, lângă podul de peste Someş. Prima menţionare documentară datează din anii 107 sau 108, şi se află pe o bornă kilometrică latină, descoperită în localitatea Aiton, pe drumul roman care făcea legătura cu Turda.
Colonizarea romană a acoperit întreaga suprafaţă a judeţului Cluj, fapt atestat de numeroase vestigii. După retragerea administraţiei romane la sud de Dunăre, regiunea a continuat să fie locuită, populaţia rămasă supravieţuind perioadei de migraţie a barbarilor dinspre estul şi sudul Europei. La acel timp au fost puse bazele primei organizări statale, Voievodatul lui Gelu – având ca puncte de apărare cetăţile de la Dăbâca şi Gilău – fiind amintit în cronica lui Anonymus cu ocazia luptei cu triburile maghiare din Panonia.
Voievodatul lui Gelu nu a rezistat presiunii ungurilor stabiliţi în Câmpia Panoniei, fiind cucerit de către aceştia şi inclus în Voievodatul Transilvaniei, parte a regatului ungar, împreună cu porţiuni din vestul Transilvaniei. Zona este reorganizată administrativ, iar în 1173 apare menţionat în documentele vremii Comitatul Cluj (Thomas comes Clusiensis). În 1213 Clujul, împreună cu dealurile din împrejurimi, este menţionat drept Cetatea Regală Castrum Cluj (Castrenses de Clus).
Viaţa Clujului a fost marcată în 1241 de invazia tătarilor, care au cucerit cetatea, ucigându i o parte din locuitorii, iar pe alţii luându i robi. Deşi serios deteriorată, 50 de ani mai târziu, în 1291, cetatea este pomenită în documente.
Pe la jumătatea secolului XIII, Clujul există doar ca o localitate rurală având în apropiere o cetate fără importanţă militară.
Începând cu domnia regelui Ştefan al V lea al Ungariei (1272), aşezarea sporeşte ca număr de locuitori, datorită unor mari grupuri de colonişti saşi care încep să se aşeze în cetatea Clujului. Până în secolul XV Cetatea Regală (Castrum Clus) va dobândi o organizare urbană, iar statutul de cetate regală, va fi înlocuit cu acela de cetate liberă.
Printr un act eliberat la 19 august 1316, Carol Robert de Anjou acordă o serie de privilegii şi libertăţi Clujului. Decretul dorea totodată să consolideze puterea regelui, în dauna nobililor feudali şi a clericilor. Localitatea primeşte titlul de oraş (civitas) şi unele drepturi de a se autoadministra pe plan juridic şi bisericesc, printre acestea fiind şi dreptul oraşului de a îşi alege liber preotul şi parohul. Cu această ocazie se începe ridicarea bisericii Sfântul Mihail.
Potrivit unei serii de documente din perioada 1336 1365 Clujul este scos de sub supremaţia principelui Transilvaniei, oraşul subordonându se direct regelui, urmând ca în 1405 împăratul romano german Sigismund de Luxemburg, devenit totodată rege al Ungariei să îi acorde Clujului dreptul de oraş liber.
La sfârşitul secolului XVII, Clujul devine parte a monarhiei habsburge, intrând sub dominaţie austriacă.
Începând cu 1715, armata habsburgă începe construirea fortificaţiei Vauban, Cetăţuia, prima fortificaţie de acest fel din Transilvania.
Din 1790 până în 1848, iar apoi între 1861 1867, Clujul a fost capitala Marelui Principat al Transilvaniei în cadrul imperiului austriac, fiind totodată şi sediul dietelor transilvane.
În 1776, împărăteasa Maria Tereza a Austriei a înfiinţat la Cluj o universitate germană, pe care Iosif al II lea de Habsburg a transformat o în „Universitatea Piaristă”, cu predare în limba latină.
În 1798 oraşul a fost distrus în mare parte de un incendiu.
În 1867, Clujul şi Transilvania au fost reintegrate în Regatul Ungariei. În această perioadă, oraşul a devenit al doilea ca mărime din regat, după Budapesta, fiind reşedinţă a comitatului Cluj.
În 1872, s au pus bazele Universităţii din Cluj, cu predare în limba maghiară, redenumită în 1881 drept Universitatea Franz Josef, după numele împăratului Franz Josef al Austriei. Totodată s a construit clădirea centrală, actualul sediu central al Universităţii Babeş Bolyai.
La începutul secolului XX, au fost construite sau reconstruite majoritatea clădirilor din centru. În această perioadă a fost ridicată clădirea Liceului Unitarian, Opera Română, Palatul de Justiţie, primăria, Palatul de Finanţe etc.
În 1910, în Cluj funcţionau 10 bănci şi peste 2000 de ateliere şi întreprinderi.
Primele semne ale cinematografiei transilvănene apar în 1913, când regizorul Jeno Janovics începe colaborarea cu casa de filme pariziană Pathé şi toarnă în oraş mai multe filme printre care Murgul şarg şi Din grozăviile lumii.
După încheierea primului război mondial, Transilvania a intrat în componenţa Regatului României, Clujul fiind în continuare reşedinţa judeţului cu acelaşi nume.
În 1940 Clujul a revenit sub suveranitate maghiară prin Dictatul de la Viena, până în octombrie 1944. Prin Tratatul de la Paris din 1947, Clujul revine din nou în hotarele României, aflându se sub guvernarea comunistă până în decembrie 1989.
