Conducerea UBB consideră că este posibilă crearea unui sistem paralel de educație, care să favorizeze universitățile private, inclusiv pe acelea care au fost simple ”fabrici de diplome”. De asemenea, instituie un regim discriminatoriu între universitățile de stat și cele private, în contextul în care ultimele pot recurge la metode incorecte, de la exercitarea pe timp nedeterminat a funcțiilor de conducere până la organizarea deficitară programelor de studiu și la promovarea incorectă a persoanelor în funcții didactice.
O altă critică este legată de faptul că funcționarea universităților private depinde strict de structurile interne ale acestora, iar deciziile acestora nu mai trebuie corelate cu prevederile Legii Educației Naționale.
Potrivit rectorului Ioan-Aurel Pop, există riscul decredibilizării universităților românești, în ansamblul lor. El critică ambiguitățile legate de sistemul de pregătire didactică a profesorilor. O altă problemă este diminuarea calității doctoratelor, dar și prelungirea sine die a funcțiilor de conducere din universități.
Ioan-Aurel Pop critică și faptul că a fost reintrodusă posibilitatea cumulului funcțiilor de conducere academică cu cele politice. O altă prevedere este legată de diminuarea examenului de bacalaureat.
Conducerea universității clujene este de părere că sistemul educațional românesc are nevoie de reglementări care să promoveze excelența, creșterea calității planurilor de învățământ și garantarea autonomiei universitare.
